Después de un largo proceso y cumplir la sentencia del mismo, Dan. Miguel Hidalgo y Costilla fue fusilado en Chihuahua., un 30 de julio de 1811. El juicio de Hidalgo fue largo porque además del juicio militar, tuvo que hacer frente al juicio eclesiástico que lo condeno a la degradación sacerdotal.
En los documentos publicados en el libro” La Historia Documental de Mexico”, se manifiesta que “Hidalgo como sacerdote al ser detenido, no podía ser juzgado como un reo cualquiera. Era necesario para aplicarle la pena capital, su degradación eclesiástica, que significaba además de una pena, una grave injuria a sus sentimientos religiosos. El acto de degradación, humillante como fue, precedió a su entrega a las autoridades civiles y militares quienes le aplicaron la pena de muerte.”
La Sentencia de Degradación expedida, el 27 de julio de 1811, dice (entre otras cosas)”,Habiendo conocido la causa criminal formada .el Br. D. Miguel Hidalgo y Costilla, cura de la congregación de Dolores, cabeza principal de la Insurrección que comenzó en el sobredicho pueblo el 16 de septiembre del año próximo pasado, causando un trastorno general en todo este reino, al que se siguieron innumerables muertes, robos, rapiñas sacrilegios, persecuciones , la cesación entorpecimiento de la agricultura, comercio, minería, industria y todas las artes y oficios.
Con otros infinitos males contra Dios, contra el rey, contra la patria, y los particulares. Y hallando a D. Miguel Hidalgo evidentemente convicto y confeso de haber sido autor de tal insurrección consecuentemente causa de todos los daños y perjuicios sin número que ha traído consigo y por desgracia siguen y continuaran en sus efectos dilatados años, resultando además reo convicto y confeso de varios delitos personales, como son entre otras las muertes alevosas que en hombres inocentes mando ejecutar en la ciudad de Valladolid y Guadalajara, cuyo número pasa de cuatrocientas.
Se le acusa de haber usurpado las regalías, derechos y tesoros de su majestad el Rey. Y despreciando las excomuniones de su Obispo y Santo Tribunal de la Inquisición, por medio de papeles impresos injurioso, perjudiciales, y tan enormes y en alto grado atroces, que de ellos resulta, no solamente ofender a la Majestad Divina, sino trastornando todo orden social.
Conmovidas muchas ciudades y pueblos con este escandalo y detrimento universal de la iglesia y de la nación, haciéndose por lo mismo indigno de todo beneficio y oficio haciéndose acreedor y lo tanto privo para siempre por esta sentencia definitiva a D. Miguel Hidalgo y Costilla, de todos los beneficios y oficios eclesiásticos, deponiéndolos como lo dispongo de todos ellos y declaro que en virtud de esta sentencia debe procederse a la degradación actual y real.
Y así se procedió a la degradación el 29 de julio de 1811, en la Villa de Chihuahua, estando presente el juez eclesiástico, y el gobernador de Tejas. Puesto de rodillas el reo, se le hizo saber la sentencia, y después de haberse quitado las prisiones, y queda dando libre, los eclesiásticos le revistieron de todos los ornamentos de su orden presbiterial de color encarnado. De nuevo puesto de rodillas el reo, el eclesiástico comisionado manifestó al pueblo la causa de la degradación y en seguida pronuncio la sentencia y procedió a desnudarlo de todos los ornamentos de su orden. Y después de que el reo intercedió, con la mayor instancia y encarecimiento ante el juez real, para que se le mitigase la pena, no imponiéndole la de muerte, ni de mutilación de miembros, los ministros de la curia recibieron bajo custodia al citado reo.”
Siendo fusilado el reo (de frente), en la prisión de Chihuahua, y a los pocos meses del fusilamiento las cabezas de Hidalgo, Allende Aldama y Jiménez ,fueron cortadas y expuestas dentro de jaulas en las cuatro esquinas de la Alhóndiga de Granaditas Guanajuato, como escarmiento público.