El azolve, la maleza y la invasión de la fauna silvestre son otros de los problemas a los que se enfrenta la presa de Valle de Bravo.
Las zonas con mayor azolve a la vista son el Embarcadero Municipal, el Malecón de San Antonio y la desembocadura del río Amanalco, pues la cantidad de lodo se ha convertido en un pantano.
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Son más de 10 metros lineales donde el lodo ha cooptado el caminar de los habitantes y visitantes de Valle de Bravo quienes ya no pueden caminar por la orilla.
Aunado a esto, frente a la Capitanía de Puerto de la Secretaría de Marina que vigila la presa de Valle de Bravo se ha colocado una cinta perimetral para que las personas no caminen por la zona, ya que pueden quedar atrapados en el lodo.
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La maleza de la hierba que ha crecido el la superficie que quedó al descubierto por el bajo nivel que mantiene la presa de Valle de Bravo es otro problema más que se debe de atender.
En zonas como el Malecón de San Antonio, la hierba crecida sirve como hábitat natural para algunas especies de la fauna silvestre como sapos, ranas, ratas, ratones y culebras de agua.